התמחות בכירורגית ילדים במסלול הישיר ובמסלול התמחות על. משנת 2017 הוכשרו במחלקה 2 מתמחים במסלול הישיר, ושתי מומחיות בכירורגיה כללית במסלול התמחות העל. אחוז המעבר של בחינות שלב א' ושל בחינות שלב ב' עומד על 100%. כל המתמחים היו מעורבים בזמן ההתמחות בעבודות מחקר והוראה, וזכו להכרה בעבודתם ע"י פרסום מאמרים מדעיים בספרות המקצועית והצגה בכנסים מדעיים. כל המתמחים השתלבו עם סיום התמחותם בעבודה כרופאים בכירים במחלקות מובילות בארץ.
רוטציה בכירורגית ילדים למשך שלושה חודשים. משנת 2017 ביצעו גם מתמחים בכירורגיה כללית וגם מתמחים ברפואה דחופה ילדים, מבית החולים שלנו ומבתי חולים אחרים רוטציות במתכונות שונות, כולל רוטציה משולבת עם יחידת הטראומה (למתמחים ברפואה דחופה ילדים).
סלקטיב בכירורגית ילדים - החל מספטמבר 2025, ובהתאם לתוכנית הסטאז' החדשה, ניתן לבצע חודש סלקטיב במחלקה לסטאז'רים המתעניינים בפעילות הקלינית והאקדמית במחלקה לניתוחי ילדים.
חשיפה לסטודנטים - במסגרת הקלרקשיפ ברפואת ילדים ובכירורגיה, מעבירים רופאי המחלקה הרצאות לסטודנטים מאוניברסיטת תל אביב ומאוניברסיטת אריאל. סטודנטים שמעוניינים מצטרפים גם לפעילות הקלינית והאקדמית השותפת של המחלקה.
הרצאות במסגרת בית הספר לסיעוד ב"שמיר" ובתוכנית ההכשרה לאחיות מומחיות קליניות באוניברסיטת תל אביב.